臺大公共事務研究所之前身為臺大政治學系公共行政組碩士班。臺大政治學系於民國46年設立政治學研究所碩士班；民國77年，該碩士班分成公共行政組、政治理論組與國際關係組三組進行招生及教學。民國103年8月1日，為因應公共事務學術領域之發展，臺大政治學系公共行政組碩士班轉型獨立為臺大公共事務研究所，隸屬於社會科學院。
公共事務之研究，是近年來歐美公部門研究之核心與主流。二十世紀初期，各國公共行政的學術研究係以政府機關的行政運作為對象，致力於提高政府行政業務的效率與效能。然而二次大戰以後，因應民主政治之發展與民眾需求之提升，政府功能不斷擴張。同時，在1970年代世界石油危機之後，各國財政壓力亦日益嚴重。因此，政府不僅必須厲行節約，亦須思考如何引進和善用民間資源。在這樣的思維模式下，公部門之學術研究遂逐步擴展範圍，除了政府機關行政運作之傳統領域，亦將民間部門所進行之各項公共事務納入整合研究的範疇，「公共事務」因而成為國際上一個重要且蓬勃發展的學術領域。
面對公共事務領域重要性不斷提升的時代趨勢，臺大政治學系公共行政組碩士班乃於民國103年獨立為公共事務研究所。未來本所將立基於已有之豐厚學術基礎上，進一步深化行政管理、公共政策與政府事務之相關研究，並致力於優質公共事務專業人才之培養。本所目前有專任師資13人，每屆招收碩士一般生16人。