本所學生須完成課程修習，並於修業期間參與六次由本所主辦或協辦之研討會、演講、座談等學術活動，並完成碩士論文，方能取得碩士學位。研究生之修業年限為二至四年。
碩士生應於入學後第三學期開學前，選定畢業論文之指導教授（需為本所專任教師，但經公事所課程委員會同意者，不在此限），並獲其書面同意。未選定者，應於入學後第三學期開學一個月內，向所長提書面報告說明。研究生應選定論文方向，並經指導教授同意後舉行論文研究計畫研討會。論文題目應經指導教授同意決定之，並在入學後第三學期開學一個月內，擬妥初步論文計畫，至本所辦理論文註冊手續。
論文計畫中應包含研究動機、目的、方法、架構、主要章節以及參考書目。論文研究計畫研討會由所長與指導教授會商，延聘對該論文題目有專門研究之學者專家二至四人與指導教授組成口試委員會為之。委員會中至少應有一位所外教授出席，但經所長同意者，不在此限。指導教授不得擔任主席。論文研究計畫研討會以口試為原則，成績之評定由論文研究計畫研討會委員以無記名方式作可否之表決，委員會全數認可方為通過。論文研究計畫研討會未通過或更改論文題目者，須待次學期方得重新申請召開論文研究計畫研討會。
碩士生完成論文寫作後，經指導教授之同意，得申請論文口試。論文口試委員會應由原論文研究計畫研討會口試委員擔任之，若原口試委員因故不能出任，經所長與指導教授會商，得另延聘對該論文題目有專門研究之校內外教授為口試委員，委員會中至少應有一位所外教授出席，但經所長同意者，不在此限。指導教授不得擔任主席。論文之考察以口試為原則，成績之評定由論文口試委員會以無記名方式評分，研究生之及格成績為B-。未達及格分數者，得再次申請口試，若仍未獲及格分數，應予退學。
碩士生應於通過論文口試後、繳交學位論文前，依本校規定完成論文原創性比對並繳交聲明書及相關證明文件。論文比對相似度不應高於15%，其高於15%者，指導教授應給予修正指導，或在聲明書中補充說明其必要性。如查有嚴重違反學術倫理之情況，應檢具資料報請本所處理。
碩士生修畢規定之必修與選修學分數，完成六場之學術活動參與，並通過碩士論文口試者，由本校授予碩士學位。
自107學年度起入學之碩、博士班學生，經系、所、學位學程確認修習通過或核准免修六小時學術倫理課程者，始得申請學位考試。臺灣學術倫理教育資源中心學生帳號均已建置，請學生登入時身分選「必修學生」，帳號為學號，密碼預設學號末5碼，登入後至［課程專區→我的課表］將課程俢畢並進行總測驗，每日限5次未通過機會，若通過測驗則於隔日中午至［學習歷程］下載修課證明。